O concello de Bergondo atópase na Reserva da Biosfera de “As Mariñas Coruñesas e Terras do Mandeo” . Esta reserva da biosfera, declarada o 28 de maio de 2013, abrangue 18 concellos das comarcas da Coruña, Betanzos e Terra de Melide e ten unha superficie de 116.724 hectáreas, das cales 113.969,6 ha (97,64%) corresponden a medio terrestre, e 2.754,7 ha (2,36%) corresponden a medio mariño, e nela vive unha poboación dunhas 190.000 persoas.

Abrangue dúas grandes bacías fluviais dos ríos Mero e Mandeo e contén ecosistemas costeiros e de montaña que dan acubillo a unha gran diversidade biolóxica. A área tamén conta cunha gran diversidade cultural relacionada co uso dos recursos naturais e conservación das razas de gando locais. A área comprende os concellos de Abegondo, Aranga, Arteixo, Bergondo, Betanzos, Cambre, Carral, Cesuras, Coirós, Culleredo, Curtis, Irixoa, Miño, Oleiros, Oza dos Ríos, Paderne, Sada e Sobrado dos Monxes.

Na desembocadura do río Mandeo atópanse formacións sedimentarias coñecidas como marismas, que en Galicia a miúdo chámanse xunqueiras. Estas áreas están dominadas por xuncos e son hábitats importantes para aves palustres migratorias que utilizan estas zonas húmidas como punto de descanso durante as súas migracións anuais. Observáronse diversas especies de aves, incluíndo garzas, picapeixe, gaivotas, entre outras.

A ría alberga unha variedade de vida mariña, incluíndo ameixas, berberechos, mexillóns, robalizas, muxos, fanecas, sardiñas, bocartes, congros e máis. 

Parte do territorio de Bergondo atópase dentro do espazo natural protexido denominado LIC Betanzos-Mandeo (ZEC ES1110007). Este espazo forma parte da Rede Ecolóxica Europea Natura 2000, que ten como obxectivo a conservación da biodiversidade e os recursos naturais. Inclúe a parte interior da ría de Betanzos, e está integrado polo esteiro e o curso baixo do río Mandeo (25 km), unha parte do seu afluente, o río Zarzo, o treito baixo do río Mendo (9 km) e a desembocadura do río Lambre, no lugar de Ponte do Porco, abranguendo unha superficie dunhas 1.020 ha (en decembro do 2011 presentouse unha proposta de ampliación de até 1.792 ha). Protexe uns 8 hábitats de interese comunitario, 2 dos cales prioritario (1150, 91E0), e 4 do grupo de Hábitats costeiros e vexetación halofítica.

A zona estuárica (530 ha), constitúe unha das maiores extensións de marisma litoral de Galicia, cunhas 170 ha de xunqueiras e pradarías halófilas e unha ampla extensión de augas abrigadas de fondo de ría (algo máis de 200 ha) que só parcialmente se descobren coas baixamares. A parte máis baixa da conca deste río é o dominio dos xistos de Bergondo.

O Encoro de Abegondo-Cecebre (ZEC ES1110004), malia non atoparse nos límites do concello, si o están varias bacías que verten no encoro. Constitúe o recurso hídrico fundamental para o fornecemento de auga potable á poboación da comarca da Coruña, recurso cuxa protección e aproveitamento racional esixe aplicar o principio de precaución.

Neste aspecto son especialmente importantes os montes e masas arboradas das parroquias de Guísamo e Cortiñán.

Existen distintas figuras de espazos protexidos en función das súas características e valores naturais, incluíndo áreas de importancia internacional como zonas húmidas Ramsar, reservas da biosfera da UNESCO, sitios do Patrimonio Mundial Cultural e Natural, así como espazos de protección nacional, autonómica e local. Estes espazos protexidos desempeñan un papel crucial na conservación da biodiversidade e a protección dos hábitats naturais e culturais na rexión.